Secara etimologi, sejarah berasal dari bahasa Arab "syajarotun" yang berarti pohon, melukiskan pertumbuhan atau silsilah suatu peristiwa yang terus berkembang. Sejarah memiliki tiga unsur utama: Manusia (sebagai pelaku sejarah), Ruang (tempat terjadinya peristiwa), dan Waktu (kapan peristiwa itu terjadi).

Dalam berpikir sejarah, ada dua cara pendekatan yang wajib dikuasai. Pertama, berpikir Diakronik, yaitu memanjang dalam waktu namun menyempit dalam ruang. Pendekatan ini mementingkan proses, kronologi, dan periodisasi. Contohnya: Kronologi perang Diponegoro dari tahun 1825 hingga 1830. Kedua, berpikir Sinkronik, yaitu meluas dalam ruang namun menyempit dalam waktu. Pendekatan ini lebih mementingkan struktur, keadaan ekonomi, sosial, atau politik pada satu titik waktu tertentu secara mendalam.

Selain itu, sejarah juga memiliki fungsi instruktif (sebagai alat bantu pembelajaran), edukatif (memberikan pelajaran hidup/"historia magistra vitae"), dan rekreatif (memberikan rasa kesenangan estetis saat membaca kisah masa lampau).

Masa praaksara (nirleka) adalah masa di mana manusia belum mengenal tulisan. Di Indonesia, penemuan fosil manusia purba sangat kaya, dimulai dari Meganthropus paleojavanicus (manusia raksasa tertua dari Jawa), Pithecanthropus erectus (manusia kera berjalan tegak), hingga Homo sapiens (manusia cerdas) seperti Homo wajakensis dan Homo soloensis.

Berdasarkan hasil kebudayaan dan corak kehidupannya, masa praaksara dibagi menjadi beberapa babak. Paleolitikum (Zaman Batu Tua) dicirikan dengan kehidupan nomaden (berpindah-pindah) dan food gathering (mengumpulkan makanan). Alat yang digunakan masih kasar seperti kapak perimbas. Masuk ke Mesolitikum (Zaman Batu Tengah), manusia mulai semi-sedenter, dibuktikan dengan temuan Kjokkenmoddinger (sampah dapur kerang) dan Abris sous roche (gua tempat tinggal).

Revolusi besar terjadi pada masa Neolitikum (Zaman Batu Muda), di mana manusia mulai menetap dan bercocok tanam (food producing). Alat batunya sudah dihaluskan seperti kapak persegi dan kapak lonjong. Puncak kebudayaan praaksara adalah masa Perundagian (Zaman Logam), di mana masyarakat sudah mengenal pembagian kerja yang jelas (undagi/tukang) dan menghasilkan artefak perunggu dari kebudayaan Dongson, seperti nekara dan moko.

Masuknya pengaruh Hindu-Buddha dari India memunculkan beberapa teori: Teori Brahmana (pendeta), Ksatria (prajurit), Waisya (pedagang), dan Teori Arus Balik (orang Indonesia yang belajar ke India dan menyebarkannya kembali). Pengaruh ini mengakhiri masa praaksara dengan ditemukannya Prasasti Yupa peninggalan Kerajaan Kutai di Kalimantan Timur (abad ke-4 M), kerajaan Hindu tertua di Indonesia.

Di Jawa Barat, berdiri Kerajaan Tarumanegara yang bercorak agraris di bawah Raja Purnawarman. Di Sumatra, Kerajaan Sriwijaya tumbuh menjadi kemaharajaan maritim dan pusat pembelajaran agama Buddha terbesar di Asia Tenggara. Kejayaan Nusantara berlanjut dengan berdirinya kerajaan-kerajaan besar di Jawa Timur seperti Mataram Kuno (wangsa Sanjaya dan Syailendra pembangun Borobudur), Kediri, Singasari (Raja Kertanegara dengan Ekspedisi Pamalayu), hingga Majapahit.

Majapahit mencapai puncak keemasannya pada masa Raja Hayam Wuruk dan Mahapatih Gajah Mada, yang berhasil menyatukan wilayah Nusantara melalui Sumpah Palapa. Runtuhnya Majapahit kelak disebabkan oleh perang saudara (Perang Paregreg) dan menguatnya syiar Islam di pesisir utara Jawa.

Islam masuk ke Indonesia secara damai melalui perdagangan, perkawinan, pendidikan (pesantren), tasawuf, dan kesenian. Ada teori yang menyebutkan Islam datang dari Gujarat (India), Persia (Iran), dan Arab (Mekkah). Penyebaran di Pulau Jawa dilakukan secara masif oleh kelompok ulama yang dikenal sebagai Wali Songo.

Kerajaan bercorak Islam (Kesultanan) pertama di Indonesia adalah Samudra Pasai di Aceh, yang didirikan oleh Marah Silu (Sultan Malik Al-Saleh). Di Pulau Jawa, kesultanan pertama adalah Demak yang didirikan oleh Raden Patah. Demak kemudian berkembang dan dilanjutkan oleh Kesultanan Pajang dan Mataram Islam (yang mencapai puncak di bawah Sultan Agung).

Di bagian timur Indonesia, terdapat Kesultanan Gowa-Tallo di Makassar yang terkenal dengan pelaut uungnya dan Sultan Hasanuddin (Ayam Jantan dari Timur) yang gigih melawan VOC. Di Maluku, berdiri kemaharajaan rempah-rempah Kesultanan Ternate dan Tidore yang memimpin persekutuan dagang Uli Lima dan Uli Siwa.

Kedatangan bangsa Eropa (Portugis, Spanyol, Inggris, Belanda) diawali dengan motif 3G (Gold, Glory, Gospel). Penjajahan Belanda dimulai dengan kongsi dagang VOC (1602) yang memonopoli rempah Nusantara. Kebijakan eksploitatif terus berlanjut hingga masa Sistem Tanam Paksa (Cultuurstelsel) gagasan Van den Bosch yang sangat menyengsarakan rakyat.

Pada awal abad ke-20, kritik terhadap penjajahan melahirkan Politik Etis (Edukasi, Irigasi, Emigrasi). Program edukasi ini ternyata menjadi bumerang bagi Belanda, karena melahirkan golongan terpelajar Indonesia. Mereka mengubah strategi perlawanan fisik bersenjata menjadi perlawanan organisasi (diplomasi), yang menandai lahirnya era Pergerakan Nasional.

Organisasi pertama yang berdiri adalah Budi Utomo (1908), disusul oleh Sarekat Islam (organisasi massa terbesar awal), Indische Partij (organisasi politik pertama yang menuntut kemerdekaan), PNI, hingga Muhammadiyah dan NU. Tonggak persatuan paling krusial terjadi pada Kongres Pemuda II yang melahirkan Sumpah Pemuda (28 Oktober 1928), menyatukan identitas bertanah air, berbangsa, dan berbahasa satu, Indonesia.

Menjelang akhir Perang Dunia II, Jepang membentuk BPUPKI untuk merumuskan dasar negara (Pancasila) dan UUD, lalu diganti oleh PPKI. Jatuhnya bom atom di Hiroshima dan Nagasaki memicu vacuum of power (kekosongan kekuasaan). Peristiwa Rengasdengklok terjadi akibat perbedaan pendapat Golongan Muda dan Tua mengenai waktu pelaksanaan kemerdekaan, yang akhirnya berpuncak pada pembacaan Proklamasi 17 Agustus 1945.

Setelah merdeka, Indonesia dihadapkan pada perjuangan mempertahankan kemerdekaan dari Agresi Militer Belanda, baik melalui perang (Bandung Lautan Api, Pertempuran Surabaya 10 November) maupun diplomasi (Linggarjati, Renville, Roem-Royen, hingga KMB yang secara de jure mengakui kedaulatan Indonesia pada 1949).

Sejarah politik Indonesia terus bergejolak. Diawali masa Demokrasi Liberal (sering berganti kabinet parlemeter), Demokrasi Terpimpin Soekarno (pemusatan kekuasaan dan keluarnya Dekrit Presiden 1959), yang berakhir tragis pasca tragedi G30S/PKI. Setelah itu terbitlah Supersemar yang menjadi tonggak lahirnya Orde Baru di bawah Soeharto (pembangunan ekonomi terpusat namun represif), hingga akhirnya runtuh oleh gerakan mahasiswa dalam peristiwa Reformasi 1998 menuju era demokrasi yang lebih terbuka saat ini.